De kleur van de machines is niet helemaal zeker. Persoonlijk  acht ik het meest waarschijnlijk dat ze in LVA-blauw waren beschilderd. Op de weinige foto's die ik heb gezien lijkt het of de kleur echter toch wat donkerder is.
Sommigen menen dat ze in LVA-khaki waren, een kleur zoals op de Fokker D.VII en Fokker C.I was aangebracht. Deze kleur (LVA Khaki) is echter duidelijk donkerder dan die van de Fokker S.II.

SchemaKleurnaamFS-nummerWEMHumbrolXtraColorVallejo Model ColorVallejo Model Air
Standaard #1Geheel LVA Blauw   AC D05 115 ? X-214?    

Voor een uitgebreide conversietabel met zeer veel kleur- en verfsystemen, zie www.paint4models.com

Kleurenschema Fokker S.II LVA  .
Fokker S.II LVA .
Fokker-SIIA-SMALL

Fokker S.IIa Ambulance LVA.

Linksboven de eerste uitvoering, rechts de latere uitvoering.

Fokker-SIIA-2-SMALL
Fokker S.IIa Ambulance LVA tijdens de mobilisatieperiode.
De afmetingen en plaats van de oranje driehoeken op de vleugel is (mij) niet bekend.