Gebruik bij LVA en MLD.

Gebruik bij de LVA

De LVA had al snel interesse in het toestel als opvolger van de Fokker S.IV, die al bijna vijftien jaar in dienst was.

Het plan was dat de firma Kromhout de Major motoren in licentie zou gaan bouwen.
De licentiebouw kwam echter moeizaam op gang en de eerste serie van 20 toestellen werden dan ook uitgerust met gereviseerde motoren.

Een tweede bestelling van 20 stuks werd niet meer gebouwd door het uitbreken van de oorlog.

Aan het eind van de oorlogshandelingen in mei 1940 ontsnapten een aantal vliegers met enkele Fokker S.IXs en SIVs naar Frankrijk. [Zie Go2War2: Fokker S.IX en  ook nederlandseluchtvaart.nl: Forum Fokker S.IX

 Deze werden echter niet meer gebruikt en in Frankrjk achtergelaten. De bemanning vluchtte verder naar Engeland.

Gebruik bij de MLD

De Fokker S.IX werd besteld als opvolger van de Fokker S.III.  Alle vijftien bestelde toestellen waren voor het uitbreken van de oorlog (in Nederland) afgeleverd. Ze waren allen gestationeerd op vliegkamp "De Kooy" en gingen daar tijden de bombardementen verloren.